明治11年夏天，维新重臣大久保利通突遭暗杀。在这起事件背后，前维新志士志志雄真实（池田政典 配音）的身影渐渐浮现。当年他曾接任剑心担任刽子手，却最终遭到维新政府的背叛险致丧命。从地狱活转过来的志志雄，如今开始慢慢揭开“京都破坏计划”的黑幕。为了阻止志志颠覆明治政府的阴谋，密探集团——京都御庭番众的首领•翁交给遗孤少女卷町操（樱井智 配音）一项重要的任务，命她前去寻找曾经暗中支持着明治维新的刽子手拔刀斋——绯村剑心（凉风真世 配音）。操独自来到东海道，意外得知了心上人四乃森苍紫（安原义人 配音）的消息，而此时剑心也怀着和翁同样的目的启程前往京都。
剑心和操一路同行，最终在新月村遇到了志志雄及其亲信濑田宗次郎。双方的志向终究无法达成统一，一场正邪决战提前爆发了……　　明治11年夏天，维新重臣大久保利通突遭暗杀。在这起事件背后，前维新志士志志雄真实（池田政典 配音）的身影渐渐浮现。当年他曾接任剑心担任刽子手，却最终遭到维新政府的背叛险致丧命。从地狱活转过来的志志雄，如今开始慢慢揭开“京都破坏计划”的黑幕。为了阻止志志颠覆明治政府的阴谋，密探集团——京都御庭番众的首领•翁交给遗孤少女卷町操（樱井智 配音）一项重要的任务，命她前去寻找曾经暗中支持着明治维新的刽子手拔刀斋——绯村剑心（凉风真世 配音）。操独自来到东海道，意外得知了心上人四乃森苍紫（安原义人 配音）的消息，而此时剑心也怀着和翁同样的目的启程前往京都。
剑心和操一路同行，最终在新月村遇到了志志雄及其亲信濑田宗次郎。双方的志向终究无法达成统一，一场正邪决战提前爆发了……
注: 特别版为2012年发售的新京都篇前后合并，且重新剪辑的特别版，2014年7月发售。新加入了一些剧情衔接段落，并且对战斗场面进行强化，可以说是新京都篇动画的完成版。